Het MOT vervult een intermediaire rol (bufferfunctie) tussen enerzijds de meldingsplichtigen en anderzijds het Openbaar Ministerie (O.M.), dat verantwoordelijk is voor de opsporing van strafbare feiten en belast is met de vervolging daarvan.
Dienstverleners die bij de uitoefening van hun taken feiten ontdekken die duiden op money laundering en de financiering van terrorisme (ML/FT), zijn met inachtneming van bij Staatsbesluit vast te stellen indicatoren (Besluit Indicatoren Ongebruikelijke Transacties, S.B. 2013 no. 148), verplicht een daarbij verrichte of voorgenomen ongebruikelijke transactie onverwijld schriftelijk,al dan niet digitaal te melden aan het Meldpunt. De melding geschiedt op de wijze als door het Meldpunt voorgeschreven (art. 12 Wet MOT). Daarnaast dienen ook Instituten die met het toezicht op financiële- en niet- financiële instellingen zijn belast alsmede overheidsinstanties, in afwijking van eventuele geheimhoudingsbepalingen die op de bedoelde instituten en overheidsinstanties van toepassing zijn, het Meldpunt in te lichten, indien zij bij de uitoefening van hun taken feiten ontdekken die duiden op ML/FT, of die een redelijk vermoeden daartoe doen ontstaan (art.13 jo art. 18 Wet MOT). Als er een melding is gedaan, gaat het MOT onderzoeken/analyseren of er inderdaad sprake is van eenmogelijke verdachte ongebruikelijke transactie (OTR). Het MOT hanteert de operationele- en/of strategische analyse om de OTR’s te analyseren. De operationele analyse is een methode om transacties te onderzoeken en indien daartoe aanleiding bestaat, verdacht te verklaren.

Deze methode van analyseren bestaat uit de volgende aspecten:
• eigen onderzoek op de meldingen aan de hand van typologieën of bijvoorbeeld naar aanleiding van mediaberichten (opsporingsberichten);
Bij typologieën gaat het om de methoden, technieken en trends die toegepast worden bijML/FT.
• het gebruik van een zogenaamd ‘matchingsysteem’, waarbij matchingmodules zijn ontwikkeld;
Onder ‘matching’ wordt verstaan: “het uitsluitend met behulp van gecodeerde en anoniem gehouden naamsleutels vergelijken van informatie van het MOT met informatie van andere opsporing-, vervolging- en berechting gerelateerde instanties.
• Onderzoek op het meldregister op basis van verzoeken afkomstig van bepaalde instanties.

Bij strategische analyse gaat het erom, een beschrijving te kunnen geven van de aangeleverde data, zo mogelijk toekomstige ontwikkelingen te voorspellen en mogelijke verbanden tussen verschillende variabelen te ontdekken. Hiertoe heeft strategische analyse een sterk beleidsmatig karakter. Bij strategische analyse worden de volgende randvoorwaarden gesteld: de kwaliteit der meldingen en de kwantiteit der meldingen (voldoende hoeveelheid aan gegevens).
Een OTR is nog geen verdachte transactie. Wanneer het MOT na analyse van deze mogelijke verdachte ongebruikelijke transactie een redelijk vermoeden heeft dat een bepaalde natuurlijke- of rechtspersoon zich schuldig heeft gemaakt aan ML/FT of een hieraan ten grondslag liggend misdrijf, worden de desbetreffende OTR’s verdacht verklaard en vervolgens doorgemeld aan het O.M.(art. 6 Wet MOT). Het O.M.beslist over verder onderzoek.